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復(fù)旦大學(xué)類腦智能科學(xué)與技術(shù)研究院趙興明教授在Microbiome期刊發(fā)表了題為：Enterotypes of the human gut mycobiome的研究論文。

研究團(tuán)隊(duì)收集了來(lái)自歐洲、北美洲以及亞洲的16個(gè)隊(duì)列的3363個(gè)腸道真菌樣本，其中包括自測(cè)的中國(guó)人572個(gè)樣本（圖1）。研究團(tuán)隊(duì)對(duì)這些隊(duì)列的腸道真菌組成進(jìn)行了系統(tǒng)地探究，并確定了四種在不同隊(duì)列及人群中均穩(wěn)定存在的四類真菌腸型（圖2）。研究人員評(píng)估了這四類腸型結(jié)構(gòu)的特性，發(fā)現(xiàn)這些真菌腸型在多樣性、物種和功能組成上均存在顯著差異。

研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)宿主的表型，包括年齡和疾病，都與特定的真菌腸型有明顯的聯(lián)系。例如，以念珠菌為主的Can_type腸型在老年人中更為常見(jiàn)，并且該腸型也在多種疾病人群中呈現(xiàn)出較高的流行率，此外，該腸型也與腸道屏障受損相關(guān)。與此相反的是，酵母菌為主的Sacc_type腸型則在年輕人中更為普遍，且與較低的疾病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)。研究還指出，一種在Can_type腸型中富集的真菌相關(guān)的有氧呼吸通路介導(dǎo)了衰老與腸道屏障受損之間的關(guān)聯(lián)。

總的來(lái)說(shuō)，該研究揭示了腸道真菌組成高度結(jié)構(gòu)化的性質(zhì)，并發(fā)現(xiàn)其與宿主表型之間的緊密相關(guān)性。

復(fù)旦大學(xué)類腦智能科學(xué)與技術(shù)研究院博士生賴森瑩為論文的第一作者，復(fù)旦大學(xué)類腦智能科學(xué)與技術(shù)研究院趙興明教授、人類表型組研究院鄭琰研究員，以及華中科技大學(xué)的陳衛(wèi)華教授為論文通訊作者。

復(fù)旦大學(xué)類腦智能科學(xué)與技術(shù)研究院趙興明教授團(tuán)隊(duì)近年來(lái)在微生物領(lǐng)域圍繞宏基因組組裝、物種識(shí)別到下游垂直應(yīng)用開(kāi)展了一系列系統(tǒng)性的工作。研究成果包括宏基因組組裝錯(cuò)誤識(shí)別算法metaMIC（Genome Biology，2022）、宏基因組分箱算法SemiBin（Nature Communications，2022）、SemiBin2（Bioinformatics，2023）、揭示了人類四種真菌“腸型”結(jié)構(gòu)（Microbiome，2023）。此外，團(tuán)隊(duì)還建立了一系列微生物資源數(shù)據(jù)庫(kù)，包括GMrepo（Nucleic Acids Research，2020）、GMrepo v2（Nucleic Acids Research，2022）、GMGC（Nature，2021）、mMGE（Nucleic Acids Research，2021）、mBodyMap（Nucleic Acids Research，2022）等。

趙興明，特聘教授、博士生導(dǎo)師，計(jì)算神經(jīng)科學(xué)與類腦智能教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室副主任、張江國(guó)際腦庫(kù)執(zhí)行主任、國(guó)家杰出青年科學(xué)基金獲得者、上海市青年科技啟明星和上海市浦江人才計(jì)劃入選者，IEEE Senior Member、IEEE SMC TC on Systems Biology Co-Chair、IEEE SMC Shanghai Chapter Chair、ACM SIGBio China Vice Chair、中國(guó)人工智能學(xué)會(huì)人工生命與生物信息學(xué)專委會(huì)副主任、中國(guó)計(jì)算機(jī)學(xué)會(huì)生物信息學(xué)專委會(huì)常務(wù)委員、上海市計(jì)算機(jī)學(xué)會(huì)生物信息學(xué)專委會(huì)主任等。承擔(dān)了國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金重大研究計(jì)劃和重點(diǎn)項(xiàng)目在內(nèi)的多項(xiàng)科研課題。在 Nature、Cell Metabolism、IEEE TPAMI、Nature Communications、Genome Medicine、Genome Biology 等國(guó)際著名期刊發(fā)表SCI論文140余篇， 曾獲吳文俊人工智能自然科學(xué)一等獎(jiǎng)和教育部自然科學(xué)二等獎(jiǎng)。